在高真空出料泵的运行中容易产生真空出料能力不够、密封泄漏等急性故障，同时，引起减压塔的真空度下降，影响包括下游生产装置的正常操作生产。解决这一问题很大程度上需要从装置设计时就进行考虑；其次，就是高真空出料泵设备本身的精密性和密封性能；另外，保证生产工艺操作的正常平稳也很重要。
(1)装置设计时增高减压塔安装位置，尽量提高减压塔底到真空出料齿轮泵进口管线的高度，保证足够的灌注压头，从根本上避免减压塔内真空度对真空出料泵出料能力的影响。当然，考虑建设安装费用，并不是安装的越高越好，而是必须保证设计加工量条件下泵的良好工作性能。
(2)选用结构上密封部位布置合适的允许吸入真空度高的泵，在真空出料泵生产运行中避免从密封处出现倒吸现象，产生抽空损坏设备的故障。
(3)保证密封效果，提高密封腔内压力。对于真空密封来讲，发生泄漏往往不容易被检查出，因泄漏吸入泵内的空气造成的系统真空的破坏，也容易被误判断为减压塔底结焦或泵吸入口过滤器管线堵塞。因此，会延误故障的检修和排除。现场可采取提高密封腔压力的措施，具体做法有两个方面， 一是前面谈到过密封腔喉部衬套间隙的作用，在压力环境下，限制高压力渣油进入密封腔，而在负压环境下，也可限制密封腔内的封油流出密封腔，即在泵本身上保证密封腔在外界环境与泵内叶轮吸入口之间形成尽可能大的压差；另一方面，在密封封油的注入线上安装压力表，调节封油注入量，保证密封腔内正压。另外， 需要特别提醒，这一点不仅运行泵要保证，备用泵同样要保证。生产中曾多次出现，运行泵密封不漏，备用静止泵密封泄漏而引起的运行泵频繁抽空事例。